欧洲人类遗传学大会：华大等提出新的无创产前检测方法

图1：ESHG大会掠影（来源：ESHG官网）

  一  镰状细胞病：不需要父亲样本的常隐无创产前检测

镰状细胞病是一种常染色体隐性遗传疾病，每年影响约30万新生儿的，通常通过侵入性产前检查诊断。要想非侵入性地评估这种疾病比较困难，往往需要来自患者的父母双方的样本。 

来自伦敦Guy’s 和St. Thomas’ NHS信托基金会遗传学实验室、Viapath 遗传学实验室和Nonacus公司团队，在大会上报告了开展镰状细胞病无创性产前检查的工作。

研究者基于相对突变剂量（relative mutation dosage），不需要父本样本，对来自母体血浆游离DNA（cfDNA）进行靶向测序，并量化野生型和突变型等位基因的读数，然后挑选小于155bp、富含胎儿DNA的DNA片段进行生物信息分析。

 

研究者检测了24位携带镰状细胞病孕妇样本，其孕龄中位数为16周，平均测序深度为831。结果显示，21/24样本检测结果与胎儿的实际基因型一致，而有3/24样本因为胎儿基因含量较低（low fetal fraction）而不确定。 

该团队主要研究者van Campen表示，其他胎儿常染色体隐性遗传疾病可能以类似的方式进行检测。下一步工作将进一步优化和开发cfDNA片段的大小选择等方法。

 

  二  BGI：开发同时检测胎儿染色体非整倍体，胎儿单基因疾病和母体携带者状况

 

华大（BGI）的研究人员开发了一种新的NIPT方法，称之为靶向和全基因组同时测序（TAGs-seq），可以同时检测胎儿染色体非整倍体，胎儿单基因疾病和母体携带者状态。 

BGI研究员王逸丛提出，TAGs-seq方法基于低深度全基因组测序和接近3,000X的PCR测序。

研究人员使用华大智造开发的BGISEQ-500测序仪对517个母体血浆的已知样本进行了TAGs-seq，结果对已知结果的23例染色体三体病例、9例胎儿新发突变导致的β地中海贫血和软骨发育不全等疾病、以及27例母亲是孟德尔遗传病携带者完全检测了出来。王逸丛表示，进一步的临床验证需要更大的样本量。

  三    牛津大学：鉴定新发突变疾病的二胎高发风险

牛津大学的Ummi Abdullah在大会上提出的一项研究成果，主要针孩子出现新发突变的家庭，下一次怀孕时的复发风险。因为其中80%的突变是父系起源，虽然这样的突变通常是不会再次发生的，但如果是生殖腺嵌合体，这种复发概率为1％到2％，对于有些家庭来说，复发风险高达50％。 

 

为了鉴定这种具体高发风险的家庭，研究人员计划招募100个家庭，目前招募到25个。对于每组家庭，对trio样本（父亲、目前和一个孩子）采集多达14个组织样本（包括来自父亲的精液样本），并进行超深的Illumina平台测序，分析新生突变周围多达150bp DAN。同时，科学家还使用Nanopore大长读长测序帮助进行单倍型定相，从而确定突变的亲本来源（来源于父亲还是母亲）。 

 

对于目前分析的25个家庭样本中，其中17个家庭样本基本无法检测到来自父母任何一方的突变，两个病例发现突变是由母亲生殖系嵌合体引起的，另外一些情况可以追溯到父亲引起的。 

Abdullah表示，这个结果将使她的团队能够让大约四分之三的家庭放心，因为他们的孩子在新发突变疾病的复发风险可以忽略不计。对于剩余的四分之一家庭，需要制定降低下一胎复发风险的策略，例如通过胚胎植入前遗传检测（PGD）等方法。

 

备注：以上翻译自 genomeweb。我们力求客观、准确翻译，不尽之处请以原文为准。仅供研究参考。机构或相关公众号转载请注明编译自基因慧，欢迎个人转发分享。

参考资料：

1. At ESHG, Researchers Present New Noninvasive Prenatal Tests, Disease Recurrence Risk Study

2.https://2019.eshg.org

编辑：Nicole

校对：Damine

审核：Mark 

 

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