肿瘤精准治疗的内核之一，是通过基因检测最大化匹配靶向用药。同时很多问题仍待解决。例如，每年新发超12万名携带融合突变的肺腺癌患者。虽然靶向药100%覆盖，如何确保临床基因检测报告的公信力？标准化管理和质控是关键。本文速览从肿瘤融合基因、靶向药到伴随诊断到最新融合检测标准品。
文章 | 菁良基因编辑 | 基因慧
关键词 | 融合基因 标准品
△ 肺癌分型（来源/clinical care oncology）
■ 肺腺癌的主要融合基因及频率
我国每年新发非小细胞肺癌（NSCLC）患者约80万，预计有12万患者携带基因融合突变。临床数据研究发现，基因融合在NSCLC腺癌的基因突变占比中仅次于KRAS和EGFR，属于第三大类突变。融合合并突变频率约为15%。
NSCLC中的肺腺癌是靶向治疗比较多的癌种类型，其中有哪些基因融合突变的主要类型呢？本文梳理如下（参考文献见文末）：
1）ALK基因+EML4基因
突变在这个癌种类型中比例是5%-8%。对于亚裔的EGFR、KRAS野生型的腺癌患者，ALK阳性比例高达30%-42%。ALK基因最常见的融合伴侣基因是EML4，EML4和ALK中最常见的突变亚体是3a/b，占比是33.34%。EML4-ALK突变体1和突变体2分别占比23.33%和15%。
2）ROS1基因突变
ROS1重排阳性只占非NSCLC人群的1%-2%, 其中32%为CD47-ROS1融合。在我国，每年新发的肺癌患者有70-80万，按照发病频率预估每年有7000-8000的患者存在ROS1基因突变。
3）NTRK基因突变
NTRK更常见于罕见的癌症，如婴儿型肉瘤，却很少存在于常见的癌症、如NSCLC。相关基因频率数据如下：NTRK1 肺腺癌 3.3%，结直肠癌1.5%；NTRK2 肺腺癌0.2%；NTRK3 结直肠癌0.7%、小儿神经胶质瘤7.1%。
4）RET基因融合
RET基因融合通常出现在约2％的NSCLC、10-20％的乳头状甲状腺癌（PTC）及<1%的其它癌症中。RET融合的伴侣基因主要是KIF5B、CCDC6、NCOA4和TRIM33，其中主要为KIF5B。KIF5B-RET有多种融合形式，其中75%以上的KIF5B-RET融合为K15;R12。
5）MET基因
MET基因14 外显子跳跃突变多发生于NSCLC，并以其中的肺肉瘤样癌和腺癌更多见，在肺腺癌中的发生率约3~4%，在肺肉瘤样癌中的发生率可高达22%。2020年5月，美国FDA批准了针对这一特定患者群的首款靶向疗法Tabrecta（capmatinib），治疗携带MET基因外显子14跳跃突变的晚期NSCLC患者。
■ 常见融合突变的靶向药已覆盖100%
△ 基因融合突变的靶向药（来源/医世象）
人们已经锁定了大约2万多个融合基因，但是它们在癌症发展中的确切功能和作用则知之甚少。因此，辨别融合基因是否与癌症病人的预后相关具有重要的临床意义。
截至到2020年5月8日RET靶向药LOXO-292获批，常见融合突变的靶向药已覆盖100%。融合突变虽然低频，但靶向药预后好，且可序贯用药。
■ 多种融合基因检测纳入NCCN指南
目前已经有多种融合基因检测已被纳入NCCN指南常规推荐。例如在2020版的《非小细胞肺癌NCCN指南》中明确指出，对于通过多基因NGS 检测未发现驱动基因突变的患者，建议行RNA-NGS检测，从而更大程度地发现融合事件。
在2020版《结直肠癌NCCN指南》中，专家建议对于已用IHC检测NTRK融合阳性的患者，由于检测方法的局限性可能存在假阳性率高的现象，故而推荐再用RNA-NGS确诊。
NCCN指南的推荐体现出了融合基因检测的重要性，通过融合检测最大化的匹配靶向用药，已经成为肿瘤精准治疗的中流砥柱。
随着靶向药的上市，也有越来越多的伴随诊断检测试剂盒被FDA和NMPA批准，
目前，融合基因的检测方法包括传统的荧光原位杂交（FISH）、PCR扩增技术（RT-PCR）、免疫组化（IHC）以及NGS等技术。每种技术都各有优劣势。但是在RNA水平上行NGS检测融合基因相较于DNA水平上天然存在各种优势。RNA水平融合的靶基因功能相关性更强。
■ 确保临床报告的公信力？最新肿瘤融合标准品助力
技术革新和发展为临床分子检测平台开拓更大的发展空间和应用价值，但同时伴随而来的是检测错误率和问题复杂性。标准化管理和质量控制是保证结果准确的必要条件。菁良基因融合标准品的使用可以确保临床分子检测项目在医院的有序开展，不同类型的标准品的组合搭配使用可以满足当下临床需求，确保临床报告的公信力。
△ 肿瘤融合FFPE标准品的位点信息（来源/菁良基因）
菁良基因的肿瘤融合FFPE标准品，包含6个RT-PCR验证的融合表达位点，及数字PCR验证的4个基因融合位点，成品为福尔马林固定，石蜡包埋处理的FFPE切片，主要用于基因融合检测流程的质量控制和性能验证。
样本来源于人类细胞系：最大程度接近患者样本， 兼容主流检测平台：PCR，NGS，覆盖常见热门融合基因（ALK，RET，ROS1，NTRK1，NTRK3等）及RNA融合表达等多种肿瘤融合，在ISO9001认证的质量管理体系下稳定生产。
此外，该标准品适用于PCR及NGS平台，可以用于基因融合检测panel的性能验证、日常质控、实验室室内及室间质评、 DNA及RNA提取效率的验证、实验室检测试剂盒/检测流程筛选比较、实验室初始化时设备和流程校验等。
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关于菁良基因
菁良基因科技（深圳）有限公司是全球领先的提供分子诊断标准品的研发创新型的高科技企业。菁良通过自主研发的高科技平台，提供全球领先的产品和服务。我们致力于提高基因检测准确率，助力精准医学快速发展。菁良基因拥有全球接受及使用范围最大的标准品研发生产平台，我们的标准用于全球的基因检测仪器和试剂开发商产品校验和注册，平台灵敏度及准确度的定值。我们的标准品也用于各大平台及检测提供方的平行对比，客户群体广泛，从平台商，药企，第三方检验所到医院。
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参考资料：
1. ALK Gene Rearrangements：A New Therapeutic Target in a Molecularly Defined Subset of Non-small Cell Lung Cancer，GENE OF THE MONTH J Thorac Oncol. 2009;4: 1450–1454
2. Updated Molecular Testing Guideline for the Selection of Lung Cancer Patients for Treatment With Targeted Tyrosine Kinase Inhibitors；Journal of Thoracic Oncology
3. Recent Advances in Targeting ROS1 in Lung Cancer；Journal of Thoracic Oncology Vol. 12 No. 11：611-1625
4. Clinical and Translational Implications of RET Rearrangements in Non–Small Cell Lung Cancer；Journal of Thoracic Oncology Vol. 13 No. 1: 27-45
5. MET Exon 14 Mutations in Non–Small-Cell Lung Cancer Are Associated With Advanced Age and Stage-Dependent MET Genomic Amplification and c-Met Overexpression；J Clin Oncol 34:721-730.
6. Non-Small Cell Lung Cancer；NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines®)
7. Diagnosis of fusion genes using targeted RNA sequencing；NATURE COMMUNICATIONS | https://doi.org/10.1038/s41467-019-09374-9 2 NATURE
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