Hello 未来!Oxford Nanopore测序数据惊艳首发!

Hello 未来!Oxford Nanopore测序数据惊艳首发!

RmFicvQBAkgBqJyMcQxUZibhoFCjLcSCNYDXUEhmz2Zf3jEC87jjYiceTyIaB3JnrFLh5ibjQQBCozYupUkT2icDsTA
关键字:武汉未来组 OxfordNanopore  
高产出高质量 超长读长 首发
大约用时:1066字 4分钟
武汉未来组(NextOmics)继成为首家中国PacBio测序服务供应商之后,今天下午又为大家带来了突破测序界“摩尔定律”的Oxford Nanopore (ONT)首发数据。
国内三代测序技术应用的开拓者武汉未来组(NextOmics)自2011年起一直致力于将领先技术提供给关注前沿科学的合作伙伴。作为中国首家PacBio测序服务供应商,也是亚太区首批PacBio Sequel测序中心,经过5年多的技术积累,逐渐成为世界领先的三代测序中心。
GtWwdCwkv7GFibw2nyFhcye46c1b1N9l1ic5q13Gauib5BuSpqib405Jw3C8UESBiaZiakAWv9gmvL4oXwG6S3oJjXmQ
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOEd4yegiaL6ppEXibutSZEN9zfiay98HmPgnfVP4SczKfUXI74T9ORl6Xw
Oxford Nanopore自诞生以后,因优点众多,而备受关注,未来组已于数月前引入该平台,且看最近新鲜出炉的测序数据测评吧,欢迎点击阅读原文并收藏~
未来组采用人血源DNA,构建>10kb文库,于Nanopore MinION测1个flowcell,对下机reads进行质控统计,并与参考序列进行比对。
高产出,高质量
单个flowcell产出约2.5G,与文献中使用Nanopore MinION测序组装人类参考基因组时的平均产出相当:~2.3Gb[1](39个flowcell共产出91.2Gb),并且其中高质量reads比例>80%。
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOOo9daW05OSN8qyCnD3br08OeFr6gkKQFjH0XFurhYGFCNDJISXH2fA
超长读长
随后评估reads读长分布,平均读长~13.5kb,long reads最长达137kb,高于文献中的测序数据[1](Mean read length ~8.6kb)。
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOfJ6S7Pbk8dBteictQUxVFyW1zsyvzNgUjyiaRGxcf5urFZZBO0TrtIrg
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOYuUg8Ed9O2lRoOicJlpGg95Sqopia4E16Aia6rLr6ibAwJpyHzyYvKu3Jg
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOpg5xsMIl6DzlelF3wtgxusrMIVOlnDmMHHX5RqMJ9cSErdibTo0CeHA
与参考基因组比对mapping率高
之后再评估测序数据的准确度,将reads与参考基因组GRCh37比对,mapping率高,符合预期。
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOnBrp3QVIJYKjIdsFRL23yUzzs0Y8ywsVuOkuVCKsPMBTVcsibBJAE0A
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOibu8DR3os1t64XgWO58VeFeHrvTqibIliavFe0Xn5m1z8E4WWvrLmuqKA
初次测评就介绍到这里,后续未来组将持续优化建库上机条件,带来更惊艳的数据,请记得持续关注。
GtWwdCwkv7GFibw2nyFhcye46c1b1N9l1ic5q13Gauib5BuSpqib405Jw3C8UESBiaZiakAWv9gmvL4oXwG6S3oJjXmQ
记得今年早期,向稳(基云惠康创始人)在一篇微信文章中就提出,中国哪家测序公司会首先推出Oxford Nanopore的测序服务?我们今天算是给出了一个正式的答复。
三代测序是武汉未来组从2012年开始,就确定的差异化发展的战略。在2013年3月11日,正式推出三代测序(PacBio平台)服务以后,武汉未来组就一直不遗余力的推动三代测序在各个领域的应用,从一开始是在线粒体、叶绿体、细菌的基因组组装、表观修饰分析,逐步过渡动植物基因组的组装、人类基因组的组装、全长转录组等领域,武汉未来组一直走在了探索的前沿。今天,我们推出三代测序的又一个新平台,Oxford Nanopore,这对于我们来说,是一个新的里程碑。坦率的说,是否中国首家推出Oxford Nanopore测序服务,对于武汉未来组来讲,已经没有实质性的意义,但是,对于一个追求技术极限的团队来说,不走在技术的最前沿,就是一种耻辱,是我们不能接受的。
       今天,我们公开的数据结果,仍然是很初步的数据,Oxford Nanopore平台仍然是一个早期应用的平台,还有很多不完美的地方。但是,我们相信,这条道路通向的,一定是一个崭新的世界!
 
    Hello,未来!
    Hello, Next-generation Omics !
 
                                 ——  Wonder
                     2017年9月15日凌晨
                            简评于武汉光谷
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOoSGPBDfjibVTFZmk0z67W4qMkr5G2FFRkcX6hJn6Ww8HTnib587P3DRA
参考文献
[1] M Jain, S Koren, J Quick, et al. Nanoporesequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads. bioRxiv. 2017
【注】如果您愿意参与到Oxford Nanopore数据的分析中来,请点击阅读原文,获得OxfordNanopore原始数据。
RmFicvQBAkgD6H2Q4JuE2rbyVHgSzsBUOOgTuAhfttQSUNwYfZu54S7r6A0618zxtt56Uetibtjpbwzx1n6jXZOw