基因慧CSCO报道 | 9月27日卫星会诺禾致源、泛生子、 鹍远基因、吉因加、罗氏制药

关键词:诺禾致源、泛生子、

鹍远基因、吉因加、罗氏制药

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诺禾致源

1、NGS和Digital-PCR技术在肺癌临床应用思考

赵征教授  陕西省肿瘤医院

Lung Cancer基于组织病理和流行病学分型。

非小细胞癌,肺腺癌,腺癌(不吸烟/吸烟),鳞癌(不吸烟/吸烟),大细胞癌(不吸烟/吸烟),小细胞癌(不吸烟/吸烟)

临床医生面临的挑战:

  • 活检组织-基因可检测率
  • 细针穿刺组织样本DNA少(23%不可检测)
  • ctDNA检测样本的来源(外周血、脑脊液、尿液、唾液)

Liquid Biopsy-ctDNA动态检测在NSCLC患者全程管理

1)早期筛查管理阶段:

  • 早期筛查和早期诊断阶段:明确诊断(分子分型/预后预测因子)

2)复发进展阶段管理

  • 术后残留病灶检测辅助治疗阶段:复发治疗阶段(动态检测疗效和克隆变化)
  • 耐压产生阶段/亚克隆变化
  • 疾病快速进展耐药亚克隆形成

3)早期阶段管理面临的问题

  • GGN的筛查与基因表型相关性
  • 术后复发动态监测
  • 面临的挑战

4)Liquid Biopsy 动态检测早起管理面临的挑战

  • 组织和液体活检的一致性
  • 预测预后相关基因的确定
  • 复发检测时间节点的确定

5)动态检测(tissue/CTC/ctDNA)的影响因素

  • 肿瘤负荷分期
  • 检测技术敏感性和特异性的差异
  • 异质性
  • treatment interval
  • subclone
  • Gemline DNA污染

2、NGS与数字PCR平台在肺癌分子病理平台的应用

马杰教授 河南省肿瘤医院临床病理中心

1)NCCN指南肺癌基因检测更新历程

  • 2008首次增加肺癌分子异常的检测NSCLC-EGFR-厄洛替尼(2A)
  • 2011非鳞NSCLC-EGFR-厄洛替尼鳞癌不推荐检测EGFR
  • 2012非鳞NSCLC-EGFR-厄洛替尼非鳞NSCLC-ALK重拍-克唑替尼
  • 2013 ROS1检测-克唑替尼厄洛替尼“适用于”改为“推荐
  • 2014 考虑NGS多基因检测鳞癌检测EGFR/ALK ALK为I类推荐  EGFR+新增阿法替尼
  • 2015新增基因驱动事件基因:BRAF V600E、MET扩增、ROS1重排、RET重排、HER2突变。
  • 2016新增T790M-奥西替你(2A)、BRAF推荐用药2A
  • 新增吉非替尼 新增MET14skip-用药建议克唑替尼、ALK-克唑替尼、艾乐替尼、色瑞替尼。
  • 2017考虑T790M血液检测、腺癌新增推荐、ROS1/BRAF基因检测推荐

分子检测技术的进步

目前基于ARMS法的EGFR基因检测:组织检测金标准,但对于血液检测特异性90%以上,假阳性率极低,但灵敏度不一,尚有提升的空间。尤其对于耐药后T790M检测,二次活检取材有一定难度,血液标本作为补充

不同检测方法的检测应用:

  • ARMS法是目前临床应用最广泛成熟的血浆EGFR监测方法
  • 数字PCR是一种高灵敏度能够绝对定量的检测血浆EGFR突变的方法
  • 二代测序则是检测血浆多基因及罕见突变的理想方法

2)河南省肿瘤NGS与数字PCR平台临床数据分析

  • NSCLC诊疗全流程——分子诊断在诊疗中的应用
  • EGFR突变检测-临床医生制定治疗方案
  • 指导TKI用药-患者服用一代TKI进展
  • TKI疗效预后-临床医生制定治疗方案
  • T790突变检测-患者服用三代TKI
  • 耐药基因动态监测-患者临床医生
  • 新的耐药机制发现

3)检测错误带来的严重影响

  • 错误报告突变,患者可能不能接受适宜的治疗
  • 假阳性结果,患者将接受不必要的治疗
  • 技术失败,无结果,必须再次检测,治疗被延迟
  • DNA分析失败,没有足够的DNA以运行检测,无结果,必须再次检测,治疗被延迟
  • 假阴性结果,患者错过宝贵的治疗机会

3、NGS与Digital、PCR平台、肿瘤基因检测解决方案

辛婧  诺禾致源肿瘤事业部产品总监

  • 肺癌基因检测的现状和需求
  • NCCN指南更新越来越快,已经更新到16个版本。
  • 中国与美国获批上市靶向药及诊断试剂还有一定差距。
  • FD A已批准首个基于NGS技术的伴随诊断方法。
  • NGS和数字Digital PCR 技术简介

两类NGS平台特点:

Thermo Fisher DA8600

  • 基于多重PCR方式富集目标检测区域
  • 检测起始量低
  • 运行时间快,更适合临床快速检测

Illumina

  • 基于杂交磁珠捕获法富集目标检测区域
  • 检测类型多样化(血/组织)
  • 检测区域可以更全面、适合全面评估肿瘤突变

两类Digital PCR平台特点:

Thermo Fisher Digital PCR NG

  • 纳米你微流控芯片技术
  • 样本均匀分配至2万个独立的反应孔
  • 封闭系统,操作方便
  • 通路灵活

Bio-Rad Droplet digital PCR

  • 油包水微液滴技术
  • 反应通路高、适合高通量检测

泛生子

李明教授、主任医师 北京肿瘤医院胃肠肿瘤中心

  • 首先对液体活检技术进行了介绍,技术的提升让液体活检在近几年有着巨大的发展,测序成本从原本的高昂成本逐步降低。随后分析了CTCs,ctDNA,Exosome的优势及缺点,如CTC检测容易高富集而ctDNA富集容易检测困难。
  • ctDNA检测技术目前有sanger,qPCR、ARMS-PCR,NGS,数字PCR,嘉宾对NGS和Digital PCR进行了比较分析,NGS可进行点突变、重排、扩增等多种突变类型分析,范围可包含全外显子、全基因组测序,通量高,但周期较长,价格昂贵,而Digital PCR则价格便宜,快速,通量小,高重复性等。
  • 嘉宾介绍了CANCER中的一篇文章,640例患者,14类肿瘤进行ctDNA检出率的分析,206例mCRC患者,KRAS基因突变检测的灵敏度为2%,特异性为99.2%。24例EGFR抗体治疗后复发患者,23例(96%)检测到单个或多个相关基因突变。证明结直肠癌中能够检测出ctDNA。并且可以通过ctDNA检测靶向药物耐药突变,进行结直肠癌患者靶向治疗的耐药监测,判断预后,进行检测化疗疗效的预测,并筛选患者。这些都要比传统的影像学等做出预后判断要早很多。

2、CtDNA技术在肺癌动态检测中的应用

周清 教授 肿瘤学博士 广东省人民医院

在精准医疗时代,NSCLC诊疗面临的困境,70%-80%基于活检结果诊断,而20%-30%患者取不到合适的组织,第一患者体制不允许,第二所取组织不符合检测需求。

动态监测对靶向治疗的疗效和耐药监测具有指导性作用。

血浆检测对于不愿意穿刺和再活检的人是福音,周教授比喻液体活检如水里捞鱼,网就是技术,技术够好网足够大,足够精细就可以捞到鱼。这使得液体活检可以指导昂贵靶向药物使用,ctDNA技术可监控肺癌患者的早期复发,肺癌后期指导化疗,这使患者不需要都去进行不必要的化疗等。

而未来临床上对液体活检的需求肯定是,高通量、高灵敏度、高精准度、多样化的。

3、ctDNA技术标准和临床应用策略

阎海 杜克大学讲席教授 癌症分子基因组学实验室主任

2013年泛生子成立,创始理念来源于老子的道德经以及达尔文的泛生一词。目前泛生子已有员工超过300名,并和100多家医院的年轻医生们合作,致力于去做真正有价值有意义的企业,而不仅仅只是为了经济效益。

在过去十年,肿瘤的治疗效果越来越好了,2011年至2016年全球共有68款抗癌新药上市,治疗也越来越呈现出多样化,基因变异则为临床治疗方案提供了可行性参考。

癌症是一种不断演化的基因并在治疗肿瘤内部异质性克隆更替对液体活检提出了重大的挑战。ctDNA检测技术目前已经在晚期肿瘤中达到了成熟的应用阶段。

近些年免疫治疗飞速发展,肿瘤突变负荷作为免疫治疗的标志物已有多项证据支持。

肿瘤患者早期的治疗相对简单,而效果确实最为显著的。所以肿瘤的早期发现非常中药,目前ctDNA的低频突变精准检是ctDNA技术的主要检测困难,文库扣减过程中PCR扩增错误,测序过程中产生的错误在0.1%~1%之间,影响ctDNA的检测准确性,因此0.1%~1%的错误使高通量测序对0.1%的ctDNA突变检测是一个巨大的挑战。泛生子自身拥有一套超高深度数字测序技术,杜绝假阳性发生,确保准确度。

新型液体活检技术——DNA和蛋白标志物联合检测,显著提升了早期癌症的检出率和准确率。

 

鹍远基因

高通量DNA甲基化检测在众乐乐精准医疗中的临床应用

1、蔡三军  复旦大学大肠癌诊治中心主任、复旦大学附属肿瘤医院大肠癌多学科首席科学家

蔡三军教授为大会致辞,表示大肠癌的筛查是很有价值的,发达国家肠癌成为非常重要的手段。上海筛查已经启动,目标是400万,现在已经达到300多万。筛查更准确,癌前病变筛查更重要。美国告诉我们,只要做了筛查方法都是可以获益的。更便宜的价格,更准确的检测,是我们要做的。肺癌上的探索,精准治疗,基因组学,代谢组学,蛋白组学来检测,简单诊断、准确诊断、预防、诊断、治疗、治疗计划设计、预后等都发挥着很重要的作用。

 

结直肠癌筛查3.0-粪便样本多维度检测

蔡国响  复旦大学附属肿瘤医院 大肠外科

1)中国结直肠癌早诊率比较低

2)筛查是提高结直肠癌早诊率、降低发病率/死亡率的最终啊哟途径

3)国内结直肠癌筛查历史

  • 1972年 焦登熬         嘉兴大肠癌高危因素调查
  • 1978年 郑树           海宁直肠癌普查
  • 1989年 郑树           嘉善60cm肠镜人群对照筛查
  • 2006年 国家卫计委     全国大肠癌早诊早治示范基地(海宁/嘉善)
  • 2006年 张苏展         国家十一五支撑计划社区大肠癌筛查
  • 2007年 国家卫计委     全国癌症早诊早治项目(大肠癌)
  • 2007年 蔡三军         上海七宝镇社区大肠癌筛查
  • 2009年 海宁中医院     海宁市全是大肠癌筛查项目
  • 2010年 天津市人民医院 天津大肠癌筛查(中阿公共服务项目)
  • 2012年 上海市疾控中心 大肠癌筛查(市政府实事项目工程)
  • 2015年 广州市疾控中心 启动大肠癌筛查工作(重大公共卫生项目)
  • 2016年 香港中文大学   大肠癌筛查先导计划

4)非侵入性结直肠癌筛查发展史

  • 1927   结直肠癌前病变
  • 1967   FOBT提出
  • 1978   息肉癌序列
  • 1978   粪便免疫化学测试(FIT)提出
  • 1993   FOBT改善死亡率
  • 1998   CMS批准FOBT
  • 2000   粪便DNA(sDNA)被报道潜在标志物
  • 2003   CMS批准FIT
  • 2014    CMS批准Sdna

5)筛查检测样本:粪便VS血液

  • 外周血标本(没有被指南推荐)
  • 早期癌敏感性较低(外周血游离肿瘤DNA含量较少)
  • 特异性差,非消化道肿瘤也可以出现阳性结果
  • 需比较多的血液(10ml)
  • 非严格意义的无创检查

6)粪便标本(指南推荐)

  • 早期癌敏感性高(肿瘤细胞脱落粪便中是普遍现象,并能稳定存在)
  • 特异性相对较好,针对消化道肿瘤
  • 花生豆大小粪便(1g)
  • 真正意义的无创检查

7)粪便分子标志物

  • m2PK M2型丙酮酸激酶
  • miRNA-92a、miRNA-194、miRNA-135b
  • 粪便DNA

基于甲基化单倍型的癌症无创筛查检测

TCGA数据的缺陷

  • 覆盖位点有限,只有450000个
  • 只有肿瘤组织,没有血浆数据
  • 全血数据跟血浆数据有不少差别
  • 低甲基化位点有测量偏差 

如何提高血浆肿瘤甲基化检测灵敏度?

  • 局部协同甲基化现象
  • 单分子甲基化连锁不平衡
  • MHB&MHL
  • 基于MHL的样品聚类分析
  • 大海捞“甲基化单倍型”
  • 样本验证
  • ESP1肿瘤甲基化单倍型
  • 甲基化癌症无创检测
  • 泰州样本技术挑战
  • 污染高,样本差
  • 八年陈血浆样本的甲基化检测

TCGA数据的缺陷

总结:

  • 肿瘤组织有甲基化特异信号,跟癌症的表观遗传调控机制有关。
  • 肿瘤细胞裂解释放甲基化信号进入外周血,信号比较弱,并受血细胞本身甲基化信号干扰
  • 基于二代测序的数字化甲基化分析具有高灵敏度,低背景噪音
  • 基于单倍型的甲基化分析方法能更有效监测微弱肿瘤信号
  • 肿瘤甲基化单倍型无创检测以及在若干个项目上得到完全独立的初步验证,可以开始进入大量样本的临床验证。

吉因加

1、免疫基因组学在肿身免疫治疗中的应用

 张力  教授  中山大学附属肿瘤医院

  • 肿瘤免疫循环是机体抗肿瘤免疫反应的基础
  • 不同的肿瘤治疗方式作用于肿瘤免疫循环中的不同环节

提出,找出肿瘤免疫循环中的短板,对肿瘤免疫进行更多维度的检测,尽可能全面的对肿瘤进行评估,以提高其对免疫治疗的预测准确性,这是一套可行的策略。

2、Gene加肿瘤基因大数据挖掘探索

易鑫  博士 北京吉因加科技有限公司

  • 遗传维度胚系中国人肿瘤遗传离线图谱,最高为卵巢癌
  • 肺癌弥散在不同的基因型,分布很广

1)OncoBox发布

OncoBox肿瘤高性能计算工作站整合高性能计算硬件、信息分析软件、基因解读数据库、数据管理平台为一体,实现从测序数据到检测报告的全自动化生成。适用于有临床高通量基因检测需求的医学检验实验室,如病理科、检验科、分子检测实验室等。

2)OncoBox亮点

2小时一键式、100%标准质控体系、100种预设模版、3000份本地化、2小时出报告

罗氏制药

1、维莫非尼在晚期黑色素瘤中的应用

斯璐 教授

  • 晚期黑色素瘤存在不同的亚型,各亚型中BRAF V600突变比例不一;
  • RBRIM3显示维莫非尼起效快,有效率达57%,并显著延长患者PFS和0S,PFS达9月,OS达13.6月,转移部位与BRAF V600突变类型并不影响维莫非尼的疗效;
  • 中国数据0RR达2%,PFS达8.3月,OS达13.5月,且安全性好,未观察到皮肤鳞癌;
  • 对耐药机制的深入理解指明了未来研究方向,如联合MEK抑制剂的方案进一步改善了维莫非尼的疗效。

2、维莫非尼2017最新进展

吴荻  教授

  • 除了黑色素瘤外,常见实体肿瘤如脑胶质瘤、结直肠癌、甲状腺瘤、非小细胞肺癌中也存在一定比例的BRAF突变,BRAF突变在肿瘤的发生发展中起着关键作用;
  • BRAF抑制剂用于BRAF突变实体肿瘤的研究正不断涌现,今年ASCO报道的结果显示,BRAF抑制剂联合或不联合MEK抑制剂在这些患者中取得了令人欣喜的疗效;

期待未来更新的研究报道,给BRAF突变的实体肿瘤患者带来更多获益。

更多 | 行研 · 大咖 · 媒体

☆ 行业研究

36位基因行业CEO总结   |  9个故事科普基因检测

基因产业格局浅析  微生物组产业简报

肿瘤调研报告  | 科学认识罕见病

24家基因相关上市公司  |  “基因+X”跨界产业

☆ 专家智库

政协委员-丁洁  |   复旦儿科医院-黄国英院长

哈佛医学院-沈亦平  | 华大基因-尹烨

Illumina 总经理赵瑞  |   红杉中国-杨云霞

欢迎品宣/会议/行研/FA合作:
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