数十万样本发现帕金森17个新候选基因,23andme和Genentech 6000万合作成果之一

关键词:帕金森  GWAS  23andme 基因泰克

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发表在9月11《Nature Genetics》上的最新成果,6,476名帕金森患者和302,042名正常人的对照,通过全基因组关联分析(GWAS)和荟萃分析(又称“meta分析”)方法,发现了17个新的帕金森相关的风险基因位点

该团队包括23andme,Genentech,国家老龄化研究所(National Institute on Aging)和数据科学咨询初创企业Data Tecnica International。

Robert Graham, 2007进入Genentech

专注于研究阿兹海默症和帕金森病的基因机制和罕见变异发现

Genentech的研究人员、本文通讯作者Robert Graham以及他的合作伙伴在文中写道:“这些候选基因的鉴定推动了功能研究,从而更快确定帕金森的致病基因和可能的治疗靶点。”

我们知道,2015年1月,基因泰克和23andme达成6000万美元的合作,主要关于3000名帕金森病患者相关的全基因组信息共享。在不少人提到数据交易的利弊时,我们也看到科学和市场的互补结合,共同达成实质性并公布与众的科研成果用于未来病患的临床应用。

在本次研究中,研究人员使用定制化的Illumina芯片,从23andMe研究队列中分离出具有帕金森病的欧洲血统的6,476人,以及302,042人的个体对照。

图:meta分析流程

主要分析方法是基于以上数据的全基因组关联分析(PDWBS),以及包含13,708 PD样本和 95,282对照的荟萃分析(PDGene),数据缺失的impute采用Minimac2工具和1000 Genomes phase 1 haplotypes数据。

PDWBS和PDGene研究发现有9,830重叠的SNPs,通过P值校正等方法发现

P值小于10的-6次方情况下发现35 loci,P值小于10的-8次方情况下发现15 loci。 然后对于这35个位点,通过NeuroX Illumina 芯片的 欧洲祖源的5,851cases和5,866 对照样本验证,过滤成29个,然后联合PDGene, PDWBS和NeuroX的meta分析,得到16个候选的相关基因位点(P值小于10的-6次方)。加上之前报道的一个位点,发现可以预测帕金森风险。一共17个新发现的帕金森相关的基因位点。

图:本次研究发现17个帕金森候选风险基因位点

同时,研究者注意到帕金森与HLA区域关联比较复杂。 HLA区域的两个基因也作为候选基因, 这与以前的研究结果一致,表明HLA区域的帕金森关联可能指向多种因子,之前有研究表明精神分裂症中观察到HLA相关性以及C4拷贝数。

图:与帕金森病相关的地区的候选基因。黑色或灰色文字表示以前报告的P值小于的值 或在发现阶段大于5×10-8。 红色文字表示在最终联合分析中与PD显著相关的位点。 跨越多个基因的外边缘的灰线表示单个基因座内的候选基因。 染色体数目显示在灰色阴影环中,候选基因的支持信息用内环中的颜色表示: 最内圈表示基因在脑细胞类型(小鼠表达数据集)或人脑区域(GTEx)中的表达,或PD大脑和健康对照大脑之间的差异表达。

文中还罗列了在最终联合分析中,每个区域与PD显着相关的可能的候选基因,如上图所示。

这一成果对于国内消费级基因企业和相关药厂想必是利好消息。

消费级基因检测(“三人行”之消费级基因检测)并非算命,除了“娱乐”测是否吃香菜,喝酒是否脸红,祖源是成吉思汗后代还是江南水乡,还可以在科研院校、药厂、临床科研机构等联合下,对于数据结构化、基因型和表型、数据挖掘算法等情况下更多途径地实现数据的价值,加速疾病致病机理、治疗靶点筛选和发现以及临床复杂案例的诊断和治疗。

国内类似标的企业,WeGene基云惠康23魔方奕真生物等与相关科研机构都有类似合作,期待更多成果。包括初创企业的优秀技术和产业成果,基因慧的“明日之星”专栏(欢迎联系info@genonet.cn)可以提供报道支持。

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