基因周报 | 23家医检所参与武汉十天大会战,我国干细胞治疗心脏病人康复,古DNA寻根东亚族群


基因周报 GeneMail 96期
2020年第20周
  • FDA发布新冠药物和生物制品开发指南
  • 人造蛋白质助力新冠疫苗精准设计
  • 李彦宏和詹启敏院士等发布食管癌基因组图谱
  • 单细胞测序量化细胞特异性药物反应
  • 纳米孔测序6小时组装人类基因组
  • 古DNA寻根东亚族群
  • 我国干细胞治疗心脏病人一年后康复
  • 格力地产17.26亿元入股IVD企业科华生物
  • Bionano Q4下降31%,Twist Q2增长42%
  • 产前诊断CNV和AOH数据解读的团体标准发布
详见基因慧GeneMail文字+音频,资讯投稿 info@genonet.cn

文章 | 基因慧  编辑 | Whiteney  审核 | Dylan


头条

■ 武汉“十天大会战”全员千万人新冠筛查

23家医检所/实验室参与(附名单)


5月11日,据湖北省卫健委官网消息,武汉市新冠肺炎疫情防控指挥部涉疫大数据与流行病学调查组印发紧急通知,10天在武汉全市范围内开展全员新冠病毒核酸筛查 “十天大会战”。

附:5月1日,武汉卫健委公布全市现有新冠病毒核酸检测机构名单(63家),其中包括华大、艾迪康、平安好医、良培医学、迪安、希望组等23家医检所机构,基因慧整理名单如下:

△ 图1:武汉市现有新冠病毒核酸检测机构名单(63家)
(来源/武汉市卫健委;制图/基因慧)

■ 干细胞治疗心脏病一年后康复
Nature报道南京鼓楼医院成果

△图2:来自诱导多能干细胞的心肌(来源/Nature)

美国时间5月13日,Nature在线报道南京鼓楼医院、南京生物技术公司HELP Therapeutics的临床试验成果,称有两名男子作为世界上第一批接受基于“重编程”的干细胞进行实验性治疗的人,在一年后的今天成功康复。今年晚些时候将公布这两名患者的结果,并将研究范围扩大到另外20名患者。
去年5月,这两名男子被注射了诱导多能干(iPS)细胞衍生的心肌细胞,来治疗受损心脏。其中一名男子55岁在接受心脏搭桥的同时接受了治疗,手术之前,该男子经常喘不过气来,现在可以散步、爬楼梯和整夜睡觉了。
原文链接:
https://www.nature.com/articles/d41586-020-01285-w?from=timeline&isappinstalled=0

 古DNA揭示中国史前人群遗传与演变历史

中科院和国家文物局等联合呈现

5月15日,Science 期刊在线发表由中科院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队完成、国家文物局等多家单位参与的研究成果,通过古DNA呈现中国史前人群遗传与演变历史。

△图3: 文章插图(来源/Science)

该文为首次正式发表中国南北方人群规模性、系统性的史前基因组研究成果,通过古DNA寻根东亚南北方人群,探源华夏族群与文化,发现中国、东亚主体人群连续演化是主旋律,中国南北方古人群早在9500年前已经分化,至少在8300年前南北人群融合与文化交流的进程即已开始。同时确认了最早南岛语系人群的祖先来源,发现沿海区域促进了人群之间的互动和基因交流。

文献链接:

https://science.sciencemag.org/content/early/2020/05/13/science.aba0909.full


宏观政策

■ 美国将全面切断华为的芯片供应链

通信、基因等有芯片需求的领域均将受影响

5月15日,美国商务部官网发文,将限制全世界所有的半导体厂(包括晶圆代工、IDM厂),只要有使用到美国软件和设备,在为华为生产芯片之前,需获得美国政府的许可证。美国这一举措意味着将以科技实力全面封锁华为,进而影响到全球科技的供应链格局,不仅限于通信,还涉及到基因行业等需要芯片的领域。


■ FDA发布新冠药物研发相关指南

5月12日,FDA发布全球首个《COVID-19: 药物和生物制品开发及Pre-IND指南》,以协助临床开发用于治疗或预防COVID-19的药物(不包含预防性疫苗和恢复期血浆)。指南仅在美国卫生和公共服务部(HHS)宣布的与COVID-19相关的公共卫生紧急事件期间有效。


■ FDA紧急授权70个新冠病毒检测产品

(截止5月15日)

截止北京时间5月15日,FDA共紧急授权70个新冠病毒检测产品(test, kit, assay, panel etc.),包括test 10个, kit 20个, assay 15个, panel 3个。基因慧汇总如下。


△图4:美国FDA紧急授权70个新冠病毒检测产品
(来源/FDA,制图/基因慧)

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基础研究


■ 百度CEO李彦宏以通讯作者参与发布

最大食管鳞状细胞癌基因组图谱

5月12日,中国医学科学院的刘芝华教授、詹启敏院士和百度CEO李彦宏,以通讯作者身份联合在Cell Research上发表迄今最大的食管鳞状细胞癌基因组图谱数据集。

研究通过在微针穿刺的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤组织中进行深度全基因组测序,并将508例食管鳞状细胞癌(ESCC)患者的相邻非癌组织与临床随访数据进行匹配;揭示了跨编码区和非编码区的驱动基因遗传变化的广阔前景,并确定了其在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的潜在分子病理学。


 华南农大发布食蟹猴胚胎基因编辑成果

成功实现精准的多位点单碱基突变

5月11日,Nature Communications 在线发表了华南农业大学兽医学院、岭南现代农业科学和技术广东实验室杨的世华课题组的研究成果,在食蟹猴胚胎上成功实现精准的多位点单碱基突变。

文献链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-020-16173-0

■ 助力攻关新冠疫苗的精准设计

人造蛋白质模仿真实抗原媲美真实蛋白质

△图5:文章插图

(来源/DOI: 10.1126/science.aay5051)

5月15日,Science发表了洛桑联邦理工学院(EPFL)的研究成果,与传统从头设计不同的是,他们建立了计算系统TopoBuilder,可以设计出与真实蛋白质复杂性相媲美的人工蛋白质,特别地,为不规则和不连续的中和表位设计支架。

而从头设计的蛋白质仅限于模仿最简单的表位,不能满足疫苗设计必须应对不规则和不连续的表位,即免疫系统抗体识别的复杂抗原特性的要求。TopoBuilder创建的人工蛋白质“在自然界中不存在” ,可以像在组装乐高积木一样来构建蛋白质,该研究的共同作者包括华裔科学家Che Yang。

文献链接:
https://science.sciencemag.org/content/368/6492/eaay5051

 


 单细胞测序实现量化细胞特异性药物反应

美国时间5月6日,Genome Biology 发表奥地利分子医学研究中心(CeMM)的研究成果,科学家开发了一种单细胞RNA测序的新方法,可帮助量化和标准化细胞内药理学变化对细胞特定的复杂作用,当前研究对象主要是胰岛细胞。

文献链接:
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02006-2

 UCSC通过纳米孔测序6小时组装人类基因组

美国时间5月4日,Nature Biotechnology发表UCSC的研究成果,使用纳米孔测序技术和Shasta等算法,将基因组组装的时间缩短至六个小时,以约70美元的价格,准确地组装出完整的人类基因组。

文献链接:
https://www.nature.com/articles/s41587-020-0503-6
转化应用

 攻关眼科遗传病 

我国完成首例LHON基因治疗临床试验

5月15日,武汉纽福斯生物在第23届美国基因与细胞治疗学会(ASGCT)线上年会及视觉与眼科研究协会(ARVO)线上年会上,公布了两项利用重组人腺相关病毒注射液(NFS-01 ,rAAV2-ND4)治疗Leber’s遗传性视神经病变(英文简称LHON)的临床研究数据,包括对159名Leber’s遗传性视神经病变患者12个月的跟踪随访结果,展现了基因治疗在Leber’s遗传性视神经病变领域的潜力。


■ FDA预审通过鹍远基因
甲基化肠癌检测——常乐思®
近日,鹍远基因(SingleraGenomics Inc.)自主研发的血液多基因甲基化肠癌检测——常乐思®(ColonES®),完成了与FDA专家委员会的第二轮预审会议。常乐思®是一种基于血液的、无创的结直肠癌早筛技术,只需少量血液,就可根据血液中游离肿瘤DNA(ctDNA)的甲基化特征,利用NGS用于早期结直肠癌和癌前病变(进展期腺瘤)的筛查。

 NMPA批准华大智造的远程超声机器人
(三类医疗器械认证资质)
5月13日,华大智造自主研发的远程超声机器人通过国家药监局三类医疗器械认证,此前于2020年3月获得欧盟CE认证。
这是全球首个远程超声机器人,只要有网络就可以接入,在病人端无需配备专业医生操作,从而实现“远程实时诊断”。此前,该设备已在多家医院进行科研试用,从2月16日开始,远程超声机器人陆续支援武汉黄陂方舱医院、雷神山医院、武大中南医院等,帮助医生远程实时会诊病患,降低医生感染风险。

■ FDA批准奥拉帕利治疗卵巢癌的新适应症
5月11日,FDA批准了奥拉帕利联合贝伐珠单抗用于HRD阳性人群一线维持治疗的适应症。一线维持治疗的获益人群从BRCA突变拓宽到HRD阳性。
产业发展

■ 格力地产子公司17.26亿元入股科华生物
地产和IVD行业跨界合作
5月10日,据格力地产公告,其全资子公司珠海保联资产管理有限公司拟通过协议方式,以 17.255亿元人民币购买 League Agent (HK) Limited 持有的科华生物18.63%的股份。科华生物被业界誉为IVD试剂“小巨人”,此次跨界合作或将成为格力地产进军医药健康尖端领域的突破口。

■ 燃石医学 & Illumina合作
将ctDNA和大Panel推向IVD
5月9日,燃石医学与Illumina达成“基于NextSeqTM 550Dx测序系统开发ctDNA(循环肿瘤DNA)和组织IVD试剂产品”的合作,将ctDNA和大Panel推向IVD,携手推进国内肿瘤NGS行业的发展和规范前行。

■ 复宏汉霖 & 基准医疗合作
开发胃癌HER2抑制剂伴随诊断产品
近日,复宏汉霖(2696.HK)与基准医疗达成战略合作协议,双方将共同开发胃癌HER2基因扩增液体活检伴随诊断产品,用于检测血液样品中HER2基因扩增并在胃癌患者中进行验证。

■ 本周5起融资事件

5月15日,试管婴儿PGS产品服务商贝康医疗宣布已完成1.5亿人民币C轮融资。本轮融资由博华资本领投,聚明创投、鹰潭金虎跟投。

5月13日,专注于创新纳米孔单分子基因测序技术的齐碳科技,宣布于近期完成超过一亿元A轮融资。本轮融资由高榕资本、银杏谷资本与雅惠投资。
5月13日,基因治疗公司Kriya Therapeutics,宣布完成8050万美元A轮融资。

5月12日,将人工智能(AI)应用于基因治疗的生物技术公司Dyno Therapeutics 完成900万美元的种子轮融资。并与诺华(Novartis)和Sarepta等达成20亿美元的合作,基于其AI平台CapsidMap开发治疗眼部疾病和肌肉疾病的新型疗法。

5月12日,NGS临床癌症诊断公司Pillar Biosciences宣布完成2970万美元的C轮优先股融资。

■ 10x Genomics  Q1增长34%
根据10x Genomics 2020年第一季度财报显示,总收入7190万美元,同比2019年同期增长34.1%。消耗品收入6140万美元,同比增长34%;仪器收入910万美元,同比增长33%;服务收入130万美元,增长52%。研发费用2600万美元,同比增73%。截至本季度末,共有现金及现金等价物3.724亿美元。
北美地区收入达3970万美元,同比增长39%;欧洲、中东和非洲收入达1,320万美元,同比增长7%;亚太地区收入总计1900万美元,增长了48%。

■ Bionano Genomics Q4下降31%
Bionano Genomics在上周四收市后报告其第四季度收入280万美元,同比下降31%。 其中,仪器收入150万美元,同比2018年同期下降50%,耗材收入为110万美元,比去年同期增长35%。
该公司2019年的研发费用从2018年的950万美元下降4%至910万美元,2019年净亏损为2980万美元,亏损同比增加60%。该公司股价周五在纳斯达克市场下跌了25%,至0.86美元。
基因慧认为,Bionano Genomics是可能的并购标的之一。

■ Twist Bioscience Q2收入增长42%
Twist Bioscience发布报告称,第二季度收入1,930万美元,增长了42%。
报告称主要得益于推出了用于下一代测序(NGS)的甲基化产品、synbio的产品线和DNA编辑(write)。其中包括基因、文库和寡核苷酸池在内的合成生物学收入总计1100万美元。该公司在本季度共交付了88,000个基因,并从该产品系列中获得910万美元的收入。NGS的收入为770万美元,同比增长58%,生物制药收入为60万美元。 
按地区划分,欧洲,中东和非洲的收入为600万美元,亚太地区的收入为90万美元(主要是在中国收入下降)。按最终市场划分,工业化学品的收入为750万美元,医疗保健的收入为580万美元,学术市场的收入为550万美元。

会议报道

■ 全球瘤顶级会议ASCO将线上举办
倒计时15日
美国东部时间5月29日~5月31日,全球肿瘤顶级的学术会议ASCO(美国临床肿瘤学会年会)将首次采用线上举办的方式。ASCO年会将公布最新临床研究成果和里程碑式的肿瘤治疗突破等,基因慧将持续追踪。

△ 图6:2020年ASCO重要治疗进展汇总
(来源/咚咚癌友圈;制图/基因慧)

■ 产前遗传学团体标准发布
免费线上培训
日前,由广东省精准医学应用学会提出、广东省妇幼保健院等相关单位起草的《产前遗传学诊断拷贝数变异(CNV)和纯合状态(AOH)数据解读及报告规范的专家共识》团体标准正式发布。
5月16日,广东省精准医学应用学会和广东省妇幼保健院共同采用在线直播方式,举办上述团体标准的免费专项培训。

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☆ 撰写基因检测报告规范全流程共识和团体标准
☆ 受邀为华西Illumina华大上海交大等报告
☆ 广东省精准医疗应用学会政策研究应用分会常委
☆ 广东省精准医疗应用学会遗传病分会常委
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