布三少 基因慧 2017年09月13日15:47
关键词：帕金森 GWAS 23andme 基因泰克
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小赛：老德，听说23andme和Genentech今天在NG上发了篇硬稿啊，应该是这家基因公司和药厂，去年6000万美金大手笔合作有成果了撒~
老德 ：小赛莫急……这……包含了6,476名帕金森患者和302,042名健康人对照。有发现17个和帕金森相关的风险基因位点，用GWAS和meta分析……仔细读读，我先喝口枸杞茶。
发表在9月11《Nature Genetics》上的最新成果，6,476名帕金森患者和302,042名正常人的对照，通过全基因组关联分析（GWAS）和荟萃分析（又称“meta分析”）方法，发现了17个新的帕金森相关的风险基因位点。
该团队包括23andme，Genentech，国家老龄化研究所（National Institute on Aging）和数据科学咨询初创企业Data Tecnica International。
Robert Graham, 2007进入Genentech
专注于研究阿兹海默症和帕金森病的基因机制和罕见变异发现
Genentech的研究人员、本文通讯作者Robert Graham以及他的合作伙伴在文中写道：“这些候选基因的鉴定推动了功能研究，从而更快确定帕金森的致病基因和可能的治疗靶点。”
我们知道，2015年1月，基因泰克和23andme达成6000万美元的合作，主要关于3000名帕金森病患者相关的全基因组信息共享。在不少人提到数据交易的利弊时，我们也看到科学和市场的互补结合，共同达成实质性并公布与众的科研成果用于未来病患的临床应用。
在本次研究中，研究人员使用定制化的Illumina芯片，从23andMe研究队列中分离出具有帕金森病的欧洲血统的6,476人，以及302,042人的个体对照。
图：meta分析流程
主要分析方法是基于以上数据的全基因组关联分析（PDWBS），以及包含13,708 PD样本和 95,282对照的荟萃分析（PDGene），数据缺失的impute采用Minimac2工具和1000 Genomes phase 1 haplotypes数据。
PDWBS和PDGene研究发现有9,830重叠的SNPs，通过P值校正等方法发现
P值小于10的-6次方情况下发现35 loci，P值小于10的-8次方情况下发现15 loci。 然后对于这35个位点，通过NeuroX Illumina 芯片的 欧洲祖源的5,851cases和5,866 对照样本验证，过滤成29个，然后联合PDGene, PDWBS和NeuroX的meta分析，得到16个候选的相关基因位点（P值小于10的-6次方）。加上之前报道的一个位点，发现可以预测帕金森风险。一共17个新发现的帕金森相关的基因位点。
图：本次研究发现17个帕金森候选风险基因位点
同时，研究者注意到帕金森与HLA区域关联比较复杂。 HLA区域的两个基因也作为候选基因， 这与以前的研究结果一致，表明HLA区域的帕金森关联可能指向多种因子，之前有研究表明精神分裂症中观察到HLA相关性以及C4拷贝数。
图：与帕金森病相关的地区的候选基因。
黑色或灰色文字表示以前报告的P值小于的值 或在发现阶段大于5×10-8。 红色文字表示在最终联合分析中与PD显著相关的位点。 跨越多个基因的外边缘的灰线表示单个基因座内的候选基因。 染色体数目显示在灰色阴影环中，候选基因的支持信息用内环中的颜色表示： 最内圈表示基因在脑细胞类型（小鼠表达数据集）或人脑区域（GTEx）中的表达，或PD大脑和健康对照大脑之间的差异表达。
文中还罗列了在最终联合分析中，每个区域与PD显着相关的可能的候选基因，如上图所示。
这一成果对于国内消费级基因企业和相关药厂想必是利好消息。
消费级基因检测（“三人行”之消费级基因检测）并非算命，除了“娱乐”测是否吃香菜，喝酒是否脸红，祖源是成吉思汗后代还是江南水乡，还可以在科研院校、药厂、临床科研机构等联合下，对于数据结构化、基因型和表型、数据挖掘算法等情况下更多途径地实现数据的价值，加速疾病致病机理、治疗靶点筛选和发现以及临床复杂案例的诊断和治疗。
国内类似标的企业，WeGene、基云惠康、23魔方、奕真生物等与相关科研机构都有类似合作，期待更多成果。包括初创企业的优秀技术和产业成果，基因慧的“明日之星”专栏（欢迎联系info@genonet.cn）可以提供报道支持。
【正文完】
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